- Nghiên cứu thử nghiệm và xây dựng mô hình ứng dụng và chuyển giao công nghệ trong nông nghiệp hữu cơ.

 - Dịch vụ KH&CN: Đào tạo kiến thức, tư vấn sản xuất, kiểm định, đánh giá sự tuân thủ theo quy trình sản xuất hữu cơ; Tư vấn xây dựng và đánh giá hệ thống đảm bảo sự tham gia của nông dân, người bán hàng, tiêu dùng và những đối tượng khác trong sản xuất nông nghiệp hữu cơ.

 - Hợp tác với các tổ chức, cá nhân trong và ngoài nước để thực hiện nhiệm vụ của Trung Tâm

- Tư vấn, đào tạo và chuyển giao khoa học kỹ thuật trong lĩnh vực công nghệ sinh học, môi trường và sản xuất nông nghiệp hữu cơ.

- Đưa ra các giải pháp về việc ứng dụng công nghệ vi sinh vào trong sản xuất nông nghiệp: Trồng trọt, chăn nuôi, nuôi trồng thủy hải sản.

 - Phối hợp với các tổ chức/cá nhân có nhu cầu về việc xây dựng các mô hình sản xuất nông nghiệp hữu cơ, xin cấp giấy chứng nhận về sản phẩm nông nghiệp hữu cơ.

- Phối hợp với các đơn vị đánh giá cấp giấy chứng nhận hữu cơ cùng nhau liên kết để tư vấn, đánh giá cho các tổ chức/cá nhân khi có nhu cầu về việc xin cấp giấy chứng nhận hữu cơ.

 - Nghiên cứu thử nghiệm và triển khai các tiến bộ khoa học kỹ thuật và công nghệ tiên tiến thuộc các lĩnh vực Công nghệ sinh học, nông nghiệp hữu cơ vào sản xuất và đời sống. 

- Hợp tác liên kết với các tổ chức phi chính phủ, tổ chức khoa học công nghệ, các tổ chức sản xuất kinh doanh để huy động thêm tiềm lực trí tuệ, vốn, nhằm đưa các giải pháp, công nghệ được ứng dụng rộng rãi vào sản xuất. 

- Phối hợp, triển khai thực hiện các mô hình thử nghiệm, tạo ra các sản phẩm mới, các chế phẩm sinh học phục vụ các ngành nông, lâm, ngư nghiệp và xử lý môi trường.